El Programa está compuesto por tres subprogramas de apoyo:

1. Subprograma de Becas Postdoctorales en Gestión de la Investigación (PPDG) tiene como objetivo satisfacer las necesidades de los grandes centros temáticos, con tres modalidades: Gestión Educativa y Difusión del Conocimiento, Gestión de Transferencia de Tecnología y Innovación y Gestión Ejecutiva de Proyectos.
2. Subprograma de Soporte Técnico de Nivel Superior (ProATS) tiene como objetivo satisfacer las necesidades de los profesionales de la educación superior para trabajar y operar equipos instalados en grandes centros de investigación.
3. Subprograma de Apoyo a la Infraestructura (InfraPeq) tiene como objetivo financiar la recuperación o mejora de instalaciones existentes, así como adecuaciones de espacios para atender nuevas demandas en dos centros de investigación.